金针菇可袋栽、瓶栽和床栽，但大多采取袋栽，因为袋栽产量高、周期短、成本低，适宜农户操作。袋栽金针菇怎样做到无公害栽培呢?
一、合理安排生产季节金针菇耐冷怕热，属低温结实性菇类。菌丝的生长适温为3—34~C，子实体的生长适温是5—20~C，一般可在9—10月制栽培种，11月中旬就可以出菇。如果考虑到要在消费量较大的元旦、春节期间上市，栽培时间可以适当向后推迟。
二、及早做准备栽培料以棉籽壳为好，秸秆或木屑也可以。除主料外，还要有麸皮、米糠或玉米粉等辅料，此外，也需要碳酸钙或石膏粉和糖。一般主料为80％左右，辅料为15％左右，石膏粉或碳酸钙1％，糖1％。主料可先用水预湿，糖可以溶于水中一起加入主料中，第二天再将辅料加入一起拌匀。金针菇适合偏酸性培养基，一般不需要加石灰或石灰水。常用的金针菇栽培菌种分为两大类，一类是淡黄至金黄色的金针菇，如杂交19等；一类是白色金针菇，如白金5号、6号等。黄色金针菇适宜温度范围广、适应性强、出菇快、产量高。白色金针菇出菇速度慢、抗病性也不如黄色金针菇，且不适宜在温度较高的地区和季节栽培。另外，还要做好菇房、灭菌锅以及栽培袋和杀虫、灭菌药械等的准备工作。
三、灭菌及接种培养料袋可选用长35～40厘米、宽14～17厘米的乙烯或丙烯袋。每袋装料400～500克，袋口和四周要压紧，袋的上部留18厘米左右的空间，以便日后金针菇拉长生长。装好料后再扎紧上头，竖放在常压灭菌锅内，灭菌10小时后出锅接种，接种室要注意消毒，采用开放式接种时尤其要做到无杂菌接种。
四、及时采收接种后2～3天，菌丝开始萌发，7～8天吃料蔓延，经40天左右菌丝即可长满。长满菌丝的菌袋既可移人栽培室，也可排放地下或排放于网架上。将袋口打开即可出菇。袋口拉开后水分易蒸发，要注意保湿。当金针菇长到15厘米高、菇盖未开时即可采收。每潮菇采后要注意搔菌催菇。
