金针菇锈斑病是一种常见的病害，在金针菇栽培中危害严重，发生较普遍，它是由假单胞菌引起的病害。
症状：锈斑病主要发生在金针菇的菌盖及子实体上。受害初期病部表现为针头状的锈色斑点，后逐渐扩大，边缘不整齐。病斑可相互连接成不规则的大锈斑。发生严重时，一个子实体的菌盖上可有数十个锈斑点。
病原：锈斑病是由假单孢菌引起的病害。荧光假单孢细菌Pseudomonassp.。与平菇褐色斑点病的细菌相似或相同。
发病特点：锈斑病病原菌可通过培养料和气流传播，在高温高湿、通风不良等条件下锈斑病最易发生。培养料水分过高或菇床湿度大，锈斑病发生较严重。生料栽培的子实体比熟料栽培或袋栽的发生严重。
防治方法：
1、搞好菇房的环境卫生，在配制培养料时，控制水量，避免水分过多发生病害。
2、科学用水，在菇房洒水时不要直接洒向子实体，以防止料面出现积水。洒水后应及时通风，室内的空气相对湿度不要长时间超过95％。
3、在菌袋表面覆盖地膜时要待子实体水分晾干后再覆盖。
4、化学防治：发病初期，可用50％的多菌灵800倍液或每毫升含100～200单位的农用链霉素喷洒子实体，防止病菌的蔓延。
常用药剂有多菌灵、农用链霉素擦去雾水等。
黑斑病
金针菇黑斑病是一种由假单孢菌引起的细菌性病害。发病后，金针菇菌盖出现椭圆形褐色或深褐色斑点，初为针尖状，扩大后直径达2～4毫米，边缘整齐，有时菌盖开裂。多数不影响产量，但因菌盖变黑而使价格下降。
症状：发病初期，菌盖或菌柄上出现淡褐色小斑，扩展后，菌盖上的病斑呈圆形或半圆形（从菌盖边缘开始发病的病斑），直径3mm左右，黑色，凹陷明显，边缘清晰而整齐，菌柄上的黑斑则呈长椭圆形，其他特征与菌盖上的一致。不论是菌盖上还是菌柄上的病斑，在潮湿条件下，病斑表面均可长出稀疏的白色霉状物，即病原的菌的菌丝、分生孢子梗及分生孢子。病菌侵入菌肉。并可从菌盖表面向下扩展到菌盖下面的菌褶上，引起病处的菌肉及菌褶呈黑褐色腐烂；菌柄上的病斑可引起菌柄扭曲及弯折，这是该病的症状特征，与托拉斯细菌侵染引起的褐斑病或锈斑病的症状区别是：细菌性褐斑病的病斑圆形，颜色较浅，边缘不甚明显，病斑不凹陷，病菌不侵入较下层的菌肉，病斑表面无白色霉状物，不引起菌盖变形和菌柄扭曲。
病原：由半知菌亚门的轮枝霉菌（Verticlliumsp.）侵染引起，从病斑上分离所得菌珠在马铃薯蔗糖琼脂培养基上生长时，菌落灰白色，气生菌丝絮状，菌落下面的培养基不着色，在显微镜下观察可看到从菌丝上长出的分生孢子梗有规律的呈轮枝状辐射排列，每一节上长出的分生孢子小梗3～4枝，小梗与小梗之间呈等角度距离，小梗的大小及形状一致，梗短，瓶梗形状，由基部向顶渐尖细，梗顶端形成球状的分生孢子球，每一孢子球内有多个分生孢子。分生孢子近圆形，微小，无色，单细胞。
发病条件：该病发生于子实体生长期，尤以菌盖开展期发生多，发病温度在10～15℃，湿度偏高有利于病原的发生。用从病斑上分离所得菌株在马铃薯培养基上产生的分生孢子配成的孢子悬浮液进行喷雾接种或滴液接种在健康无病的子实体上，湿度控制在95%左右条件下，接种后3d即开始出现症状，5d后症状典型，与自然发病的症状完全一致。但将病菌到佛罗里达平菇或糙皮侧耳的子实体上时，不论是刺伤接种还是喷雾接种，均不发生侵染，证明金针菇黑斑不能侵染平菇。
防治方法
1、搞好菇房内外的环境卫生。
2、对菇房洒水时，不可将水直接洒在金针菇子实体上，特别不可用冷水喷洒。菇房内的湿度不可长时间高于90%，要看天气变化洒水，晴天洒水要轻、勤、细，阴雨天要少洒或不洒水。每次洒水后先加强通风，然后覆盖地膜。出菇期间室内气温应调至17℃以下。
3、一旦发病后及时清除病子实体，带出菇房放在开水中煮死病菌或深埋地下，对其他未发病的子实体及时采收。采收完后喷洒45%特克多（噻菌灵）1000倍液或50%敌菌灵600倍液或50%多菌灵600倍液或喷洒每毫升100～200单位的农用链霉素或漂白粉600倍液。
