畸形菇是平菇生产中较为常见的生理性病害，严重影响平菇的产量和质量，甚至完全丧失商品价值。这种病害主要是管理不当造成的，少数是由菌种退化、变异、病毒感染所致。畸形菇主要类型有：
高脚菇。菌盖小，分化较差，菇柄较长。发生的原因是原基形成及分化期菇房缺氧、光照不足、温度偏高，影响了菌盖的正常分化和发育。防控方法：加强通风，调节光照和温度。
瘤盖菇。菌盖表现主要是边缘有许多颗粒状突起，色浅、菇盖僵硬、生长迟缓，严重时菇盖分化较差，形状不规则。发生原因是菇体发育时温度过低，持续时间较长，致使内外层细胞生长失调。防控方法：调节菇房温度在平菇生长最低温界限以上，并有一定温差，促进菇体生长、发育、分化。
菜花菇。菇形像菜花，多分枝，初期原基呈蛋形，膨大、隆起、不分化，后期有多分枝。发生原因是出菇前或出菇期间菇床或菇房喷洒了高浓度的农药，幼菇极敏感最易引起这种病害。也可能是菇房含有其他有害气体。防控方法：菇房慎用农药，使用时浓度不可过高。尤其出菇期绝对不允许使用敌敌畏，加强通风换气、排出有害气体。
珊瑚菇。原基分化不正常、松散，形状像珊瑚。发生原因是原基发生时，严重通风不良，光照极弱，氮源欠缺。防控方法：加强通风和光照调节碳氮比例，添加氮源。
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