香菇子实体在生长过程中常常出现“蜡烛菇”，穴有柄无盖，雪、“松果菇”、“荔枝菇”，这些都是香菇的畸形变异菇，大多属于生理性病害。
畸形菇发生的原因除了菌种低劣或被病毒感染之外，人为方面的原因主要有：①品种选择不当。如海拔高的山区应该选择中、低温型菌种，如果误用高温型菌种，菇蕾在冬季遇低温便萎缩不长形成“松果菇”。②发育管理不当。如袋内菇蕾早现，受袋壁挤压无法正常伸展，第一代菇容易出现畸形。③脱袋转色不合标准。④菌筒浸水不适宜。早熟品种一般出菇２～３批后菌筒的水分开始下降，应及时浸水补液。但有的菇农栽培的是晚熟品种，也跟着浸水。由于晚熟品种正处于形成原基时期，一遇水分刺激就迫使原基提早分化，只长菌柄，从而成了“蜡烛菇”。⑤控湿保温不合理。冬季气温低，菇床上薄膜罩不平，受寒风袭击时，正在生长的菇蕾就会萎缩干枯或变异。当相对湿度小于70％时，也会出现菇柄柔软或空心。
防止办法①了解菌性，防止引种失误。栽培前必须先弄清菌种特性，因地制宜选择合适的品种，依次安排接种季节，推算好预定的接种时间。②了解菌丝的成熟特性，防止盲目脱袋。脱袋过早、菌丝未达到生理成熟时，变异菇就多。判断菌丝是否生理成熟应掌握“一个菌龄、三条标准”，“一个菌龄”就是从接种之日起60天左右，“三条标准”就是袋内瘤状突起的泡状菌丝占整个袋面的２／３、局部出现棕褐色、手握菌袋有松软弹性感。③掌握转色规律，防止温度失控。转色期间要注意气温变化，开始的３天温度要控制在25℃以内，菇床土的盖膜不必揭开通风。在正常情况下，12天转色结束，３天后出现第一潮菇。转色时的温度不能低于12℃，也不能高于25℃。出菇的最佳温度为15℃。④掌握变温原理，防止温差刺激不够。白天用薄膜罩住菇床，晚上12时以后揭开薄膜１个小时，使日夜温差在10℃以上。⑤及时、适量浸水，防止水湿过早过低。菌筒含水量低于40％时出菇难、小菇多，一般在菌筒的重量比原来下降30％时进行浸水，以吸水后达到制袋时重量的95％为宜。若吸水过饱容易造成菌丝呼吸困难，影响正常长菇。⑥催菇方法要适当，防止偏干偏湿。每采完一批菇后必须揭膜通风６～７天，使菌丝吸收到充足的氧气，以恢复生长能力，然后转入喷水保湿，干湿交替，促下一潮菇蕾发生。⑦适时采收，防止过熟。在菇盖有卷边、菇柄适中时采收，每天采菇一次，到春季产菇高峰期有时可每天采菇两次。
