通常情况下，草菇播种后12小时左右，菌种块就应该萌发，并开端向料内生长。如果播种后24小时，菌丝仍未萌发或仍不向料内生长，就可能是菌丝发生萎缩。
1、高温烧菌当培养料内的温度长时间超过45℃时，就会使菌丝萎缩死亡。
2、药物影响草菇对农药十分敏感，播种后，菇农为了防病杀虫喷洒了农药，致使菌丝因药害而萎缩。
3、缺氧窒息培养料含水量过高（超过70％），或塑料薄膜覆盖过严，使草菇菌丝因缺氧窒息而萎缩。
4、氨气危害培养料内尿素添加过量，或田内化肥含量高，挥发出来的氨气分发不了，即对草菇菌丝造成损害。
5、菌种拙劣菌种的菌龄太短或太长，生长减弱，抗逆性差，在环境条件不适宜的情况下即萎缩。
6、温差过大草菇的菌丝对温差较敏感。如白天气温在32℃以上，夜间在28℃以下，喷重水后，即会发生菌丝萎缩。
7、发生害虫培养料中发生害虫，因为害虫的咬食危害，致使菌丝萎缩。
