芹菜根腐病，主要为害根茎部和叶柄，染病部最初呈水渍状、暗绿色坏死，以后逐步变为灰白色至灰褐色软腐，病组织表面产生初为白色后呈粉红色的霉层，病株上部叶片失水枯萎，有的病株腐烂折倒。可以区分为细菌性和真菌性病害两种。细菌性病害部位闻起来略带臭味，可以喷打含铜的制剂防治。真菌性病害可以用恶霉灵来治疗，较细菌性易于防治。
常宗堂说，对于根腐病，导致发生的原因也较复杂，目前生产中多种因素都可能造成此类病害，此病可以通过农具、雨水、灌溉等多种渠道传播，病菌从根部或茎基部伤口侵入，高温高湿会增加发病的几率。土壤含水量高时有利于病菌传播和侵入，如果地下害虫多，根系虫伤多，也有利于病菌侵入，发病重。他说对于细菌性的根腐病害，可以用可杀得3000、春雷霉素等杀菌剂治疗。
防治方法：
（1）实行轮作：用无病菌土壤育苗或进行床土消毒。
（2）科学用肥：注意增施生物有机肥和磷钾肥，减少和防止单一使用氮肥。同时要加深耕层，增加土壤的透气性。
（3）药剂防治：当病害刚发生时，可用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液或70%敌克松可湿性粉剂800-1000倍液灌根。
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