清洗锅内污水，换上清水，将装好料的菌袋及时进灶，合理堆放。料袋在灶内采用一袋袋上下对正的直叠式摆放。这样不仅孔隙大，有利于蒸汽穿透，而且灭菌后的菌袋成为四面体，有利于接种和后期管理。蒸仓内四个角自上而下留下15平方厘米的通气道，排与排之间也要留下空隙，保障蒸汽畅通，确保灭菌彻底。灭菌时要做到“三勤”。即：勤看火及时加煤；勤加水防止干锅；勤看温度防止掉温。
烧火应掌握“攻头、促尾、保中间”。灭菌开始时必须大火攻头，力争在4~6小时之内使灶温升到100℃，并开始记时。然后稳火控温，使温度一直保持在100℃不掉温，维持24小时。灭菌最后2小时旺火猛烧，达到彻底灭菌的目的。停火后焖料，当温度降到70℃左右时，抢温出锅，并迅速运往接种室冷却，菌袋冷却时应“井”字形叠放，要注意，切勿“大头、小尾中间松”。防止漏气,常压灭菌灶的门要密封严实。
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