平菇生产进程中，因为管理办法不到位，环境条件不适宜，常易形成畸形菇。生产中应查明畸形菇形成的起因，采取有效防治办法。
1、球形或烧瓶形
平菇的菌柄呈球形或烧瓶形，外表不平或扭曲呈波浪状，菌盖不能形成，只有很小的一点或有显著的冰凌状条纹。这是由病毒感染所致，运用病毒K、病毒A、消菌灵喷雾或涂抹防治。
2、花椰菜形
平菇的子实体原基不断增大，小柄强烈分杈，形成好像花椰菜的半球状。这是因为栽培环境中二氧化碳浓渡过高、空气湿度接近饱和所致。应加强通风，下降二氧化碳浓度和空气湿度。
3、珊瑚形
平菇菌柄不长粗或不形成菌盖，而又延续反复分权，结果形成珊瑚状，色彩斑白。这是因为二氧化碳浓渡过高和光照太弱所致，应加强通风，改良光照条件。
4、豆芽菜形
平菇菌柄细长，菌盖极小或无菌盖。这是菌盖形成时温度太低、且延续时间过长所致。所以在菌盖形成期，如遇0℃左右低温，应设法增温保暖。
5、粗柄平菇
菌柄粗长，呈水肿状，菌盖畸形、很小或无菌盖。这是因为平菇子实体分化期遇高温、光照偏强和二氧化碳浓渡过高，物质代谢受干扰，引起疯长所致。应通风降温，改良光照条件。
6、菇体皱缩干涸
平菇生长瘦弱，子实体呈黄白色或淡黄褐色，菇体从顶向下萎缩干涸。这是因为培养料缺水或空气湿渡过低所致，应及时给培养料补水。
7、形状不规矩
平菇的平切原基形成后，不分化形成菌柄和菌盖，而长成不规矩菌块，后期菌盖扭曲开裂并浮现菌肉。这是因为敌敌畏、速灭杀丁等农药用量过多所致，应少用或不用农药。
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