金针菇丛枝病属生理性病害，受害菌袋或菌瓶进入子实体形成阶段时，只长菌柄不形成菌盖。具体表现为：菌柄伸长到一定长度时顶端产生分枝，之后分枝又产生小分枝，小分枝越长越细弱并下垂；其菌盖停滞在原基发育时的幼小形态，直径仅为1～2毫米；整丛菇体呈胡须状，子实体生长受到严重抑制，几乎没有产量。
诱发金针菇丛枝病的原因，主要是菇场通风不良，二氧化碳浓度过高，湿度过大，加上缺乏弱光刺激，抑制了菌盖的生长，因而该病多见于空气不易流通的防空洞、地道等种植场所。
预防金针菇丛枝病，出菇场所要具备良好的通风条件。瓶栽金针菇在子实体原基形成后，要进行3～5天的幼菇成形培养，然后才能套袋长菇，套袋后每天要上下提动袋子换气1～2次。袋栽金针菇在子实体生长前期要加强通风，可掀开覆盖物，促进菌盖分化和菌柄增粗，待菌盖发育正常后再实行商品菇的管理方法。发现菇蕾生长不正常、菌柄顶端产生分叉并下垂时，及时清除病菇，并创造有利于子实体形成的环境条件，仍能转入正常生长。
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