将蟹苗和水草放进注水的尼龙袋或将蟹苗与水放进鱼苗孵化箱，再分别充氧气装运，叫袋箱水运。
此法除以上注意事项外，尚需注意：①袋箱牢固，要密封不透气漏水，尼龙袋双层结构，圆柱方形皆可，只留一个进、排水和可充氧气的管口；②袋子不宜过大，便于搬运，体积以4000mL～6000mL为宜；③装清洁淡水至每袋容量的1/2～1/3，每袋投入新鲜水草200g～300g；④每袋装蟹苗200g～250g，水、蟹重10:1左右为宜；⑤装袋后即充氧封口。这样单袋重3kg左右，氧气充足，蟹苗安全附着在水草上，装卸安全方便。
某单位于1987年5月25日在蟹苗繁殖场下午4时到7时45分装车，途径2.5小时，140公里运回。试验结果表明：
水运法成活率高。无论是大样本的称重法(活苗重/原装活苗重)，还是小样本的计数法(活苗只数/原装活苗只数)，水运法成活率均比较高。42小时后，成活率干运平均31%～50%左右，而水运法平均80%～91.5%，高40%～60%。
有水草作蟹苗附着物效果好。水运法，大部分蟹苗吸附在水草上，减少了运输中蟹苗振荡碰撞；干运，具有保湿和提高蟹苗附着面积作用。干运的12小时和42小时后，成活率有水草的分别达53.8%和45.7%，比纯苗分别高17.2%和18.4%。
水运法蟹苗散失浪费少。袋装水运途中基本没有散失，用蟹苗箱装如箱框间不严密，有蟹苗爬出现象。特别途中察看、喷水、管理等不及水运方便。
水运后效果较好。据72小时后观测，水运充氧有水草的有81.4%的蟹苗脱皮变成一期幼蟹，水运未充氧蜕皮成一期幼蟹仅占51.3%，而干运法活蟹苗脱皮成幼蟹只占30%左右。
根据小样本检测，水草加蟹苗水运，12小时后成活率达99.1%，基本没有死亡。当然，水运体积大，质量重，还要充氧，比干运麻烦，但成活率高，蜕皮效果也较好。无论干法还是水运法，水草都是十分必要的。
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