鲟鱼养殖水质控制当中最主要的是水温和溶氧的控制。
一、水温调节
鲟鱼是广温性鱼类，可存活温度为0～30℃，最适生长水温为18～22℃（如史氏鲟）。因此，生产商品鲟鱼时，为了加快生长，要将水温尽力调节在最适水温区间18～25℃。
夏季池塘水温不要超过28℃，因为28℃是鲟鱼停止摄食的温度，养殖池需有遮阳或降温设施。如果发现水温过高应及时注水，昼夜加大供水量，停止投饵，以恢复水质的良好状态。
秋、冬季水温只要不低于5℃，都应该坚持投喂，冬季水温低，鲟鱼的免疫力下降，加上长期得不到食物，会逐渐消瘦，并容易感染各种细菌。因此，越冬前应强化培育，投喂营养全面、添加有维生素的高品质饲料，增强鲟鱼的体质和抵御不良环境的能力。另外，在越冬前进行鱼病的检查和治疗，防止鱼带病越冬。
二、溶氧要求
在一些地区，面临着水库水或河水水源缺乏或地表水质污染的情况，如果地下水丰富可用，可以使用地下水或井水养殖鲟鱼。以井水养鱼首先必须充氧曝气以增加溶氧、排除有害气体、使铁等离子沉淀出来。充氧可以用气泵，也可以注入6～12毫克/升的臭氧。臭氧除了快速增加溶氧外，也有杀灭细菌的效果，采用石灰沉淀法，也能去除水中氯化物。
三、其他水质要求
鲟鱼对水质的要求有：透明度>30厘米；溶氧量>6毫克/升；pH值7～8；温度18～28℃；氨氮<0.5毫克/升。需特别注意的是，鲟鱼对氯特别敏感，池水中不能过量放入含氯分子的物质，如漂白粉等。此外，鲟鱼苗对酸性水比较敏感，死亡率高，水中含氨态氮在0.5毫克/升以上时，食欲减退，应时刻保持水质清新，水源无污染。
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