由化学物质引起鱼类致病甚至死亡称为化学物质引起的中毒。水中各种有害的化学物质是近几年加快产业发展，设备陈旧，环保意识差形成的工业污水和城市排放生活污水。污染严重的就是来自养殖区附近的小化工、农药等。
水质受到化学物质污染而引起鱼类中毒，江河、湖泊等池塘注水后，同样也造成污染。全国各地特别是淮河流域等有关工业污染较严重的区域，应是当地政府渔业主管部门和环境监测部门十分重视及待解决的问题。
1、硫化氢
在食品加工厂和城市下水道的污水内，往往含有大量硫化氢。石油和石油提炼过程中产生的废物，其中含有硫化氢、硫铁等对鱼类有害的物质。硫化氢可与鱼类血液中的铁离子结合，使血红素减少，因引起呼吸困难，最后缺氧窒息。当水中硫化氢含量达到3毫克/升时，就可使鱼死亡。
2.酸碱度
鱼类生活水体的酸碱度用pH值表示。一般鱼类比较适宜的酸碱度为6.7-8.5，pH值过高或过低的生活会产生不良影响，如pH值过低，鱼生活在酸性水体中。
酸能侵袭鳃组织，使其产生凝血性坏死，破坏鳃的正常功能。同时，酸的阴离子还能与蛋白质结合，使鱼体蛋白质变性，成为溶解的化合物，使鱼的组织、器官失去功能。含过量碱的水则能使鳃分泌黏液发生凝结，从而使鱼的呼吸受阻。
3.重金属盐类
重金属在水中达到一定数量时，即可对鱼产生毒害作用。重金属对鱼的毒害分外毒和内毒两方面。外毒是重金属离子与鳃所分泌的黏液结合成为蛋白质的复合物。覆盖在鳃部和体表，阻碍了鳃组织与水的正常接触，造成呼吸困难，最后窒息死亡。内毒是重金属离子通过鳃和体表以及食物等进入鱼体内，与硫氢基结合成难溶解的硫醇盐，抑制了酶的活性，妨碍了机体的代谢作用，最后导致死亡。
4.有机磷
有机磷能引起鱼类骨骼发生畸形，主要机制是有机磷能抑制胆碱酯酶的活性。马拉硫磷中毒后的鲢鱼种，表现为兴奋，先是阵发性上跳下窜，接着呼吸缓慢，最后呈昏厥状假死。当水中乐果含量达到70毫克/升时，白鲢鱼种出现狂游，并有冲撞现象。在含有敌敌畏的水溶液中，鱼体通常发黑、游动缓慢、麻痹，鳃部严重出血。
各种有机磷杀虫剂，在一定浓度和时间范围内，对鱼类的：有明显的毒性，中毒途径主要是鱼的鳃、皮肤的直接接触，吞食受污染的饵料等进入循环系统和各个器官，主要表现症状为麻痹，行为缓慢，体色逐渐变黑，丧失活动能力而死亡。
预防措施
(1)工矿等排放的废水，特别是有毒、有害物质含量较高的污水，必须通过处理，达到符合国家地表水标准和渔业水质标准后才能排放。
(2)有城市生活污水注入的塘库，最好建造“蓄污池”一是可使水中有机物分解后再使用；二是可定期进行化学分析，根据分析结果确定使用与否以及使用数量等。
