1、养殖水质管理
在池塘、水泥池等条件下养殖笋壳鱼，养成率较难提高的主要因素之一是水质恶化造成，实验证明笋壳鱼对水质的要求比中水层鱼类要求的指标高，在商品鱼养殖全程中管理好水质，是提高中、后期养成率的重要环节。在准备商品鱼养殖池塘时，要清除塘中的淤泥，有效降低氨氮、硫化氢、亚硝酸盐的产生体，水体ph值7~~8时，可用10ppm强氯精对塘底消毒，初次进水后，用1ppm硫酸铜加0.3ppm硫酸亚铁或克藻灵全池泼洒灭杀藻类，有效控制蓝藻水华（蓝藻门微囊藻，俗称臭绿沙）的发生，有关专家研究表明；微囊藻在水体中繁殖泛滥时，形成蓝藻水华，在水体中大量释放损坏鱼类的肝毒素及神精毒素，会造成鱼类死亡。
持有益藻类种群开始繁殖。增施化肥硝酸钾20ppm；磷酸二氢钾5ppm，保持水色茶褐色或嫩绿色，透明度在50cm左右，全池1/3~~1/4面积放养水葫芦等水生植物，根据池塘面积设置增氧机以保持水清、水活。
2、寄生虫的防治
笋壳鱼在养殖中最常见的是寄生虫病，锚头蚤寄生在鱼的胸鳍、腹鳍下，将鱼捕起十分容易看到，鱼得病初期并无不适，鱼体被锚头蚤寄生叮咬处，因表皮被破坏容易感染多种体表性疾病和并发症，表现为伤口局部红肿、化脓，最终引发鱼血液系统感染而死亡，防治不及时或不能坚持彻底杀虫，在一定时间内虽不会造成大规模死亡，但零星死亡不断。彻底杀灭寄生虫是笋壳鱼养殖中首要的防病措施。
笋壳鱼耐药物毒性能力强，使用高出常规标准值1~~2倍的药物未能见其有损害，各类水产杀虫剂均可使用，由于笋壳鱼底栖在池低，使用剂量与池塘水肥度相关，可用水泵保持池塘水体循环增强药效，杀虫剂与要间隔7天使用第二次。可使用阿维菌素、敌百虫杀虫剂，敌百虫可使用浓度为1~~1.5ppm并视治疗效果，周期性彻底灭杀各类寄生虫。
3、体表性疾病
由于笋壳鱼其磷片呈梳齿状；倒刺性极强，在捕抓时相互摩擦，造成表皮损坏不易察觉而至病，是运输、分养、转塘成活率低的主要原因。在大规格鱼种放养初期，常见症状是鱼鳞、鱼鳍损伤处红肿或霉菌感染后的棉絮状增生物，尾部磷片脱落表皮溃烂。
分规格养殖，必要的养殖转移或采购大规格鱼种放养，凡是擦伤的鱼都要先用20ppm的高锰酸钾溶液浸泡1小时消毒伤口，然后用比重6%盐水加20ppm聚维铜碘（含碘量10%）配制的消毒水，在水泥池、方形塑料桶或在水池中建立塑料布水箱暂养2天以上，消毒水现配现用，每天换消毒水一次，在暂养过程中要保持充氧，经过表皮治疗康复后，才可转入正常养殖。高温季节可周期性使用石灰20~~40ppm及各类水产用消毒剂2倍的剂量全池泼洒消毒。
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