斑点叉尾鮰的病害防治工作与其他养殖对象一样，应坚持预防为主，防重于治，防治结合的原则。
往往由于鱼种种质退化，鱼体抗病能力减弱；饲养管理不当，造成池底污泥过多，水体环境变差；饲料质量差，从而直接影响到鱼的摄食、正常生长和体重，鱼的抗病免疫力下降，易发生病害，所以使用高质量颗粒饲料，保持良好水质，使用良种是防止鱼病发生的重要基础。
鱼种放养操作是容易引发病害的关键因素，放养后2～6天出现少量死鱼（1％～2％）是正常现象。但如果死鱼、病鱼数量过大，或放养1周后仍出现死鱼，就可能是操作不当造成鱼体损伤或鱼种质量过差引发了鱼病。
预防措施：严格池塘清整消毒，清除过多的淤泥，保持池塘清洁卫生的水体环境。放养体质健壮、无病无伤的良种鱼种，鱼种下塘前必须进行鱼体消毒。每月使用一次消毒杀菌剂，进行水体消毒的预防工作。20天左右使用一次生石灰，每次5～10千克/亩。认真做好水质的调控工作，确保良好清新的水质。定期在饵料中添加维生素C、聚维多糖等提高鱼体免疫力的药物，提高鱼体抗病能力。科学投喂，保证饲料质量，使用高质量颗粒饲料，不投腐烂变质的饲料，避免过量投喂。坚持使用增氧机，保证水体溶解氧。
治疗鱼病要正确诊断，切忌盲目用药，选择药品时需弄清该药品斑点叉尾鮰是否过敏。敌百虫禁用，生石灰和氯制剂要控制好用量。
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