土壤含水量过大或者不足都会影响到生物菌肥的施用效果。因为，生物菌肥内的生物菌大部分是好氧菌，它在土壤见干见湿时生命力才活跃。所以，施用生物菌肥后一定要注意合理浇水，最好选择晴天上午浇小水，这样不仅能提高地温，还能通过放风排湿。注意浇水后最好要进行划锄，以此来增加土壤通透性，利于生物菌发挥效果。冬季大棚蔬菜施入菌肥后，要注意调控好地温。这就需要首先控制好棚内的气温，以气温促地温回升。一般棚内气温白天应保持在25℃～30℃为宜，夜间棚内温度低，应保持在15℃～18℃之间。
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