防治无公害蔬菜病虫害有效的方法有两种：一种是采用物理方法防治，一种是采用生物方法防治。
物理防治
采用物理方法防治蔬菜病虫害是一种较理想的无公害防治方法。物理防治意指通过栽培设施创造不利于病虫发生但却有利于或无碍于作物生长的生态条件的防治方法。它可通过病虫对温度、湿度或光谱、颜色、声音等的反应能力，用调控办法来控制病害发生，杀死、驱避或隔离害虫。
目前已有多种方法应用于生产实践，如在设施栽培中可通过控制温湿度，遏制病菌的生长和浸染，减轻霜霉病、细菌性角斑病、黑星病等的危害，利用太阳能进行高温闷棚可防治多种土传病害及线虫。
又如在大棚或温室中再铺盖地膜，无滴膜从而降低棚室湿度减轻发病，地膜还可阻止一部分土壤中病菌向植株传染，利用高温处理种子、杀死病菌，利用害虫趋黄的习性采用黄板、黄盆、黄色诱杀粘纸、粘条诱杀，利用蚜虫对银灰色的忌避习性铺银灰色膜或挂条息避蚜虫迁飞传毒，减轻番茄、青椒病毒病等。
利用一些害虫的趋光性诱杀成虫，一种新型双波诱虫灯可发生长短两种光波，用于害虫防治，可增加诱虫量，减少杀伤天敌。
新型覆盖材料--防虫网，具有抗拉、抗紫外线，耐水、耐腐老化、无毒无味等优点，菜农可根据本地害虫的发生特点及所需覆盖棚架的大小，选购不同及幅宽的防虫网，实施全封闭覆盖，从而切断害虫的潜入途径，有效地控制虫害。
实践证明防虫网不但可有效用于防虫，还可以防暴雨、防强风、防冰雹，适度遮光，改善生长条件，且可将水浇在网上进行灌溉，因此是一种理想地覆盖材料。
生物防治
生物防治系指以菌治虫、以虫治虫、以抗生素防治病虫害或以各种生物制剂防治病虫害，可直接取代部分化学农药。由于生物防治经济安全，对蔬菜及环境无污染且不伤害天敌，害虫不易产生抗药性，近年来受到人们的普遍重视。
目前在生产实践中已得到成功运用的有：用苏云金杆菌（BT）制剂防治多种鳞翅目害虫已取得实效，用菜青虫颗粒体病毒防治菜青虫或与苏云金杆菌混用防效更好，或用斜纹夜蛾核形多角体病毒防治斜纹夜蛾，用丽蚜小蜂防治温室白粉虱，用烟蚜茧蜂防治桃蚜、棉蚜，释放广赤眼蜂防治菜青虫、棉铃虫等鳞翅目害虫，用10%阳霉素乳油防治螨类、美洲斑潜叶蝇，小菜蛾、菜青虫等，用楝素、苦参、藜芦碱、茴藁素、烟碱等多种植物源农药防治多种害虫，用农抗120或武夷菌素防治瓜类白粉病、炭疽病、灰霉病、枯萎病、叶霉病、黄瓜黑星病等多种病害，用新植霉素、农用链霉素等防治多种细菌性病害，多抗霉素能防治黄瓜霜霉病、白粉病、番茄晚疫病，菜丰宁拌种可防治白菜软腐病，用弱毒疫苗N14、卫星拉糖核酸S52防治茄果类病毒病，用5406细胞分裂素拌种或喷雾，对大白菜、黄瓜等蔬菜有防病增产的效果。
利用生物工程技术进行作物茎尖脱毒快繁既可有效防治病毒病，也可加快作物繁育速度，这项技术已在马铃薯、草莓、大蒜、苹果等作物上推广应用。通过瓜类嫁接、茄果类嫁接可有效防治多种土传病害。
