立秋已过，夏季的酷暑慢慢开始褪去，也即将迎来一年中秋高气爽的时节，这个时节是食用菌生产比较热闹的时期。秋季出菇异彩纷呈，冬季栽培的制种如火如荼，较多品种的发菌正在进行。本季应以发菌管理为重点，正在出菇和准备出菇的应不失时机做好管理，确保理想出菇。
早秋平菇该阶段的管理重点应强调一个“水”字：常规栽培的，出菇后菌袋失水严重，应采取浸泡或注射等方法予以补水，以期获得较高产量。爆发出菇生物学效率在100以上的，可清理菌袋，及时将下批平菇转入出菇管理。9月播种的平菇，应尽量控制，使之进一步菌丝后熟，最大限度地积累营养，为10月出菇奠定基础。
金针菇大部分金针菇出菇已进入尾声，约有1/3的金针菇还在出菇。用冷库反季节栽培金针菇的最大难度是水分管理，据了解，部分金针菇的出菇场所湿度偏低，导致产量不尽人意。
其中主要有两个问题：一是湿度检测时主要位置多在1.5米高度，而冷库内的温度呈上高下低状态，用水多采取地面洒水的办法，使得高层的温度偏高而湿度偏低。二是目前棉籽壳原料多为大壳、短绒，吸水率低，约30%左右，而且持水性差，导致菌袋内水分“先天不足”。
双孢菇9月上旬播种的双孢菇，10月中下旬出第一潮菇。注意出菇后对畦床进行有效补水，以利于第二潮菇。
木耳类由于温差较大，无论是黑木耳还是毛木耳，生长速度都变慢，此时不要喷水过多，以延长生长期，最大限度地提高产量。
香菇高温型香菇进入末期管理，由于温度变低、温差变大，香菇质量将会因此而提高。但要注意，10月初进行最后一次泡袋后，强化低温管理，可以长出一批高品质的鲜菇，随即应清棚，进行消毒杀菌处理，10月底即可准备将低温型香菇菌株的菌袋移进棚。
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