1、光照管理。芽苗菜生长，在叠盘催芽期间，不需要任何光照，栽培生长期间，要求弱光照射。荞麦芽菜、娃娃缨萝菜需光照较强，籽苗香椿需中等光照，龙须豌豆适应性较强。注意芽苗生长期间，光照不能过强，否则纤维素提早形成，影响品质；光照过弱或不足则易使芽苗细弱，并导致倒伏、腐烂。
2、充足水分。由于芽苗蔬菜本身鲜嫩多汁，必须坚持“小水勤浇、浇匀、浇足、浇透”的原则，一般每天喷淋或喷雾2-3次(对小粒种子，喷雾式浇；大粒种子，喷淋式浇)，浇水量以掌握苗盘内基质湿润，不大量滴水为度。生长前期少浇水，中、后期加大浇水量。注意阴雨天或温度低时少浇，高温、干燥时多浇。
3、温度与通风。不同种类芽菜对温度要求不同，应分别进行管理，不同籽(种)芽菜混合栽培时可将温度调控在18-25℃的通风范围内。整个栽培生长过程中，都应保持适宜温度，避免出现温差大变化。此外，应注意保持一定的昼夜温差，切忌出现夜高昼低的逆温差。在冬季要加强保温，以保持大棚内适宜的温度和清新空气，温度不够时可加温；夏季炎热时要进行遮光降温，空中喷雾，加强通风，夜晚要大放风，以降低室温。
4、湿度管理。催芽室的相对湿度在90%左右；栽培室的相对湿度在85%左右。
5、防病虫害。芽菜很少发生病虫害，但为了保证产品达到绿色食品标准，仍应进行严格的预防，而且必须针对发病原因，采取控制温湿度和通风等生态防病方法，避免施用化学农药。
各种芽菜在催芽期易发生种子霉烂，生长期易发生烂根、猝倒。萝卜子叶上易产生黑色小麻点，豌豆苗根部易发生根蛆。病害发生主要是温湿度不适引起的，防治上应采取清洗苗盘，清洗和暴晒重复使用的基质，严格控制环境温度，严格控制浇水次数和数量等方法。
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