侵染病原
苹果霉心病是由多种真菌复合侵染所致。经检测苹果霉心病病原菌由十几个属真菌构成，主要有链格孢菌、粉红聚端孢菌、镰刀菌、棒盘孢菌、头孢霉菌、交链孢菌、串珠孢等多种真菌侵染引起，这些病菌均属半知菌亚门真菌。而且以链格孢菌占绝对优势，出现率占70%以上。导致霉心症状的主要是链格孢，导致腐烂症状的主要是粉红聚端孢。
发病规律
病原菌能以菌丝形式寄生在寄主的芽、枝条、僵果、树体、落叶，园中杂草上或以孢子的形式潜藏在寄主芽的鳞片上越冬。据研究，苹果花芽各层鳞片都带有链格孢菌，带菌率由外层向内层逐层递减，芽心花原始体不带病菌。
第2年在苹果生长前期，分生孢子借风雨或昆虫传播。随着花朵开放，病菌借气流从开裂的花瓣、雌雄蕊、花萼侵入，首先在柱头上定殖，落花后，病菌从花柱开始向萼心间组织扩展，然后进入心室，真菌会在苹果果实的整个生长时期都繁殖，到果实采收和贮藏期发病。
严重的是一旦真菌进入心室内，所有的条件都很适合真菌的生长，而且药剂的防治在此后也不起作用了。
据研究，苹果花芽各层鳞片都带有链格孢菌，带菌率由外层向内层逐层递减，芽心花原始体不带病菌。从花苞内尚未暴露的花柱上分离不出病菌。一旦花瓣张开，花柱、花药即开始带菌，随着暴露时间的延长带菌率迅速升高，至落花期，100%花柱有多种真菌出现，其中70%被链格孢菌定殖。据查，元帅系萼筒开放式品种易感染霉心病。
