袋栽菇的品质好坏，关键在于发菌期的病害防治。因此，要提高袋栽菇产量，发菌期应采取以下八项措施：
一、优选原辅材料。制种用的材料如棉子壳、玉米芯、木屑、麸皮、米糠及石膏、碳酸钙等，应新鲜、干燥、无霉变、营养成分不掺假。使用前阳光曝晒1-2天，利用紫外线杀死其中的病原孢子。
二、合理采用料基。米糠和麸皮不仅是菌丝发育很好的氮源，同时又是碳源。它们的用量应随气候（相对湿度）的变化而适当增减；用量过大，易被杂菌利用而造成污染。因此，要适当控制其含量，一般在18%-25%，高湿季节可减至18%。
三、调控料水比例。食用菌生长发育所需的水分绝大部分来自培养料，不同的栽培季节使用不同的装料容器以及封口材料，料水比也不相同。过干菌丝生长量少，而且纤弱；过湿会引起菌丝腐烂及病害发生。
四、堵塞侵菌孔口。瓶子或袋子一定要扎好口，扎口不严很易导致杂菌的入侵。
五、防止培料变质。培养料配好后应及时装袋，并对菌种培养料灭菌，否则容易发酸变质。
六、培料彻底灭菌。无论是制作菌种还是熟料栽培，对培养料都要进行彻底灭菌，灭菌不严，常导致病害的发生。高压灭菌应考虑级压、培养基成分，pH值、孔隙的影响。对常压灭菌应考虑以下几方面的影响：培养料预湿程度、灭菌前微生物的自繁生物量、灭菌锅内容器的摆放方式、灭菌锅容积大小与铁锅大小的关系，灭菌时间及蒸汽流程度。
七、调节好酸碱度。食用菌对pH值有一定要求，大多数喜中性或偏碱的环境。因此在配制培养基（料）时，可添加适量的过磷酸钙等，将培养基（料）调酸一点，既可抑制病原菌的发生，又可为食用菌提供一定的磷素。
八、加强发菌期管理
1、适当降温培养。大多数病菌是喜高温的，食用菌除草菇外，要适当降温培养，这样虽然菌丝生长速度较慢，但粗壮有力，而病原菌明显减少。尤其是生料栽培培养温度要在20℃以下。
2、降湿培养。食用菌在菌丝体生长期要求空气相对湿度一般比病原菌低，因此，在发菌期空气相对湿度应保持在60%左右，可以有效抑制病菌的发生。
3、及时翻堆检查。接种2-3天后进行第一次翻堆检查，发现受病原菌侵染的要及时拣出来。
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