在黄颡鱼苗种运输的过程中，不论采用何种运输方法、使用何种交通工具，都必须严格注意以下事项：
1、苗种要求体质健壮无病无伤。只有体质好、无病无伤的苗种，才能有较强的抵抗力，才可适应复杂的长途运输环境和运输前后的操作过程。体质好的苗种，应该体色鲜艳，躯体饱满匀称、无损伤，规格整齐，游动能力强，应激反应迅速。
2、苗种在运前要停食锻炼。刚孵出的苗种，最好在苗种开口吃食前起运。如果苗种孵出时间过长，而苗种的规格又不是很大，此时起运，苗种的运输成活率会降低。运输3厘米发上的苗种，在起运前的1～2天，必须进行拉网锻炼，使苗种预先排出肠内部分粪便和减少体表的黏液，使其体质结实，习惯密集环境，以适应长途运输，并可避免运输途中黄颡鱼粪便和黏液对水质的污染，从而提高黄颡鱼苗种在运输过程中的成活率。一般作长途运输的苗种，必须在运输前一段时间内拉网密集锻炼3次；短途运输只须锻炼1次。在运输时，不宜喂食，以免影响运输水体的水质和消耗运输水体中的氧气，降低运输成活率。黄颡鱼在起运之前，最好做一次装载密度试验，选择适宜的密度作为运输时的依据，使运输效益达到最高。
3、注意调好水温和水质。运输黄颡鱼苗种时，水温最好保持在15～25℃，在此范围内，水温越低，苗种的承载量越大。运输时，如果天气炎热，温度高，则可在箱内放入适量冰块以降低水温。
在黄颡鱼苗种的运输过程中，不管采用哪一种运输方法，其用水一定要水质清新、溶氧高、透明度高、没受污染。运输途中需要换水或到达目的地下塘时，应先进行温度的测量，防止池塘水温和运输水体的水温两者温差太大，一般允许温差在0.5℃内。如果两者温差超出0.5℃，则须进行苗种的温度适应过程，具体操作如下：先将苗种袋放入池塘，让苗种袋内的水温慢慢与池塘内的水温相近，直至两者温差在0.5℃内，然后再将苗种袋解开，将苗种慢慢放入池塘内。
在运输途中需要换水时，每次的换水量一般不超过容器装水量的1/2，最多不超过2/3，以防因水环境的突变而引起苗种死亡。此外，可以在运输用水中加入少量的食盐，浓度为0.2％～0.3％，以调节苗种体内外的渗透压，并防苗种因损伤而遭细菌感染。也可以在运输用水中预先放入适量青霉素，浓度为4～8毫克/升，以防止鱼病的发生和水质的恶化。
4、保持溶氧充足。在运输过程中，要保证黄颡鱼苗种有足够的氧气。除密封充氧运输外，其他如敞水式运输，一般采用击水、人工或机动鼓风机充气、淋水、换水增氧方式。有条件的，还可配带氧气储备瓶。为了安全度过运输途中的长时间意外停车事故，还可配备一些水体增氧药品，如双氧水、增氧灵等。
