应用菌肥养鱼是一种科学有效的新式养鱼方法。它利用菌肥中的有益微生物的分解作用，改善鱼塘的水质，为鱼虾提供充足营养及良好的生存环境。将金宝贝菌肥直接投入鱼塘。不但能促进水中微生物、浮游生物、小动物加速繁殖，且其中的有效菌可促进各种有益菌种的扩繁，比施用化肥能多产20—30％的轮虫、枝角类、桡足类等浮游生物，为花、白鲢等过滤食性鱼类提供最为丰富的天然饲料。此外，菌肥中的有效活菌还可促进水中饲料残余物和排泄物分解，净化水体，改善水质，防止泛塘，是绿色养鱼的有效途径，且养出的鱼色泽自然，品质优良。
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