高密度投放鱼种和大量投喂人工配合饲料是集约化水产养殖的两个显著特点，人工配合饲料是集约化水产养殖的主要营养来源，而人工配合饲料的大量使用又是造成养殖水体污染的主要原因之一。要解决好饲料的污染问题，必须从营养学的角度控制污染源，从而实现绿色养殖的目标。
1、合理控制饲料成份的比例
目前一些厂家在配制水产配合饲料时，往往只是片面考虑水产动物对蛋白质的需求量，而忽视了水产动物对能量的需求量，添加大量鱼粉是导致高磷和高氮污染的主要原因。在设计配方的时候，可以适当提高饲料的能量含量并减少蛋白质含量，从而减轻由高蛋白质营养水平导致的氨氮污染程度。
2、提高蛋白质的生物学价值
水产动物排泄的大量含氮物质是造成水体环境污染的主要原因，这些含氮物质主要来自饲料中那些未被消化利用的粗蛋白质和氨基酸。采用理想的蛋白质模式，改善蛋白质中各种氨基酸的平衡状况，可提高蛋白质的生物学利用价值，有效降低饲料粗蛋白质水平，提高饲料中氮的利用率，减少粪便中氮的排泄量。这样既可节省大量的天然蛋白质饲料资源，又可减轻集约化水产养殖对环境的氮污染程度。
3.合理使用添加剂
部分添加剂的合理使用可以在一定程度上改善饲料的品质和风味，促进水产动物摄食，提高饲料的利用率，从而可以减轻对水体环境的污染程度。
肽制剂：肽是一种高效的生物活性物质，无药物残留，不会产生抗药性。为了降低饲料成本，在配制水产饲料时往往需要添加一定量的植物性原料。使用肽制剂后不仅可以改善饲料的适口性，而且还可以全面促进饲料营养成分的消化和吸收，提高饲料利用率，从而大大减少水产动物排泄物中的有机物、氮磷等营养物质的排出量，减少饲料中未消化物质对水环境的污染。
高效矿物质：矿物质是水产动物生命活动和水产养殖生产过程中不可缺少的一类营养物质，虽然水产动物可以从水环境中吸收一部分矿物质，但仍不能满足生长需要，因此必须在饲料中补充一定量的矿物质。目前我国饲料矿物质添加剂的使用还停留在无机盐阶段，而以无机盐形式添加的矿物质在动物体内利用率极低，容易导致添加量不断增加，对环境的污染也越来越严重。有机盐形式的矿物质添加剂则可以提高矿物质的生物利用率，减少其在饲料中的添加量，减轻对环境造成的污染，从而达到降低生产成本的目的。
4.改善加工工艺
饲料加工工艺（如粉碎、混合、制粒以及膨化等）可影响水产动物对饲料营养成分的利用率，在生产水产饲料时，应该根据不同品种的生活习性、不同的发育阶段以及不同的生理机能，采用相应的生产工艺，配制适合其摄食和消化的优质饲料。
开发低污染水产饲料是饲料工业和养殖业发展的必然趋势，也是缓解养殖业与环境之间的恶性循环和生产无公害水产品的前提。总的来说，低污染水产饲料的应用将成为今后水产养殖业发展的方向。
