水产饲用微生物目前主要采用的是芽孢杆菌（Bacil—lus）、乳酸菌（Lactobacillus）、酵母（Yeast）和光合细菌（Photosyntheticbacteria）等。乳酸菌、酵母和光合细菌抗性差、货架寿命短，在饲料加工过程中，经高温高压制粒后几乎全部失活，而芽孢杆菌产品无论在颗粒料还是粉料中都比较稳定。
芽孢杆菌作为水产微生物饲料添加剂的菌株，在生产中的应用比光合细菌、硝化细菌、乳酸菌等菌株晚。随着近几年在水产养殖中的应用实践，芽孢杆菌类微生物饲料添加剂充分显示出以下几方面优势：
（1）稳定性好、抗性强，具有耐高温、耐酸碱、耐挤压等特点，在工业生产制粒过程中以及通过养殖动物酸性胃环境时均能保持高度稳定性。芽孢一旦形成，便能耐受各种不利条件，如干热、湿热、紫外线、射线、强酸、强碱、有机溶剂、真空干燥、氧化作用等；
（2）能产生维生素等营养物质。芽孢杆菌在生长繁殖过程中能够产生B1、B2、B6等B族维生素和维生素C、维生素K2，为水产动物提供维生素营养。日常食用的纳豆芽孢杆菌就能产生大量的维生素K2；
（3）储藏过程中以休眠孢子形式存在，不消耗饲料的营养成分，保证饲料品质；
（4）芽孢随饲料进入肠道后，能够在肠道上部迅速复活，且复活率高，几乎达到100％；
（5）复活的孢子能够产生多种酶类，有助于降解植物性饲料中某些复杂的碳水化合物，从而维持养殖动物肠道生态平衡；
（6）抑制病原菌繁殖，促进有益菌生长；
（7）可作为一种水质调节剂，净化养殖水环境。
