蓝藻大量繁殖时，一方面抑制了养殖水体中有益浮游生物的生长繁殖、阻碍了其它藻类的光合作用，另一方面也阻隔了空气中的气体进入养殖水体，因而导致养殖水体中溶解氧严重不足，出现缺氧或者亚缺氧状态，引起河蟹及其他水产养殖动物发病甚至死亡。
蓝藻大量死亡也会败坏水质，而且产生大量藻毒素、羟胺及硫化氢等有害物质，直接危害河蟹及其他水产养殖动物的健康。
池塘养殖过程中发生了蓝藻，很难彻底将蓝藻清除，但可以采取下列措施降低池中蓝藻量。
物理方法：面积较小的池塘，可于有风天气在池下风处捞除部分蓝藻。
化学方法：（1）降低池水PH值。可以采用有机酸和降碱灵降低池水的PH值到7—7.5。降低PH值应循序渐进，以防对河蟹及其他水产养殖动物造成危害。（2）在晴天池塘的下风处，用适量硫酸铜、硫酸亚铁合剂或络合铜制剂直接泼洒在池边的蓝藻藻团上，可以有效杀灭部分蓝藻（注意：药物泼洒面积不能超过池塘面积的1/4，泼洒当天池塘要注意增氧）。
生物方法：（1）放养部分鲢鳙鱼、螺蛳可减轻水体富营养化，从而控制蓝藻繁殖，也可放养部分罗非鱼，罗非鱼可直接摄食利用蓝藻。（2）雨后对水体施用一定量的水质改良剂，并补充一定量的生物复合肥（500克/亩），可使水体中的有益藻类在短时间内恢复繁殖与生长，抑制蓝藻繁殖。在水质改良剂泼洒前3小时要进行增氧。（3）在养殖水体中移植一定量的风眼莲、满江红、水花生等水生高等植物，通过高等水生植物控制水体中的氮、磷含量，抑制蓝藻的大量繁殖。
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