菌袋在室内培养期间要翻堆4-5次，第1次在接种后6-7天，以后每隔7-10天翻堆一次。翻袋时认真检查杂菌，及时处理。
一、轻度污染：只在菌袋扎口处或褶皱处出现零星点状或丝状的杂菌小菌落，没有蔓延的可用注射针筒吸取75%的酒精50毫升配加36%的甲醛30毫升的混合液，注射受害处，并用手指轻轻按摩表面，使药液浸入杂菌体内，然后用胶布粘住注射口。
二、接种穴污染：杂菌侵入接种穴，而菌丝还处于生长阶段，对香菇菌丝生长影响不太大的菌袋，可先用5-10%的石灰水上清液，后用50%多菌灵溶液抹涂患处，但要避免涂到香菇菌丝。
如发现死菌的，应在无菌条件下重新接种。严重污染菌袋基本遍布杂菌花斑点，应采取破袋取料，拌以3%的石灰溶液闷堆一夜，摊开后晒干，重新配料，装袋灭菌，再接种培养。
