大棚芹菜由于易管理，产量高，深受广大菜农喜爱。冬季大棚芹菜的管理应注意以下几点：
芹菜苗期管理
芹菜种子细小，顶土力小。为了保证芹菜出苗率，在苗床营养土中掺混10%左右的生物有机肥，可改善营养土的理化性状和生物特性，减少病菌侵染，促进芹菜生根发芽和出苗。当芹菜顶土时，轻浇1次水，1天～2天可出齐苗。之后保持土壤湿润，以少浇勤浇为原则。当苗高5厘米～6厘米时，随水冲施腐植酸水溶肥料1次，每亩用量1千克～2千克，当幼苗长至10厘米高时，再冲施一次肥料，亩用量2千克～3千克，喜满地腐植酸叶面肥800倍液，加强植株营养，促进幼苗茁壮，预防病弱苗的出现。
芹菜定植、缓苗期管理
定植后到缓苗期要勤浇水、轻浇水，保持土壤湿润。当新叶长出、新根显现时，适当中耕、断根，促使新根增生，根系下扎，心叶分化加速。蹲苗后期，结合浇水，随水冲施腐植酸肥，加速大棚芹菜营养生长期。
芹菜的吸肥力较弱，但其耐肥力强，一般施肥量都大大超过其吸收量的2倍~3倍，其根系只有在土壤高浓度状态下才能够大量吸收肥料。
中后期管理是夺取芹菜高产、优质的最后一个环节，在管理上应注意温度和肥水的管理。
温度芹菜是耐低温蔬菜，最低能耐-7℃~10℃低温，但它适宜的生长温度是15℃~20℃，所以我们在温度管理上应掌握宁低勿高的原则。就当前棚室来讲，白天温度适当高些，可促进同化作用，对叶片增加、叶柄伸长有利，晚上适当低些，有利于叶片增重、叶柄肥大，这样在晴天时我们可将棚室温度升到22℃~25℃时再放风，温度降到20℃~22℃时关风口。
肥水芹菜属于浅根、实叶蔬菜，故其生长期以氮肥为主，磷钾为辅。磷肥在土壤中移动性较差，磷肥以前期底施为好，后期不用施。钾肥可促进叶柄粗壮、充实，从而对增产影响很大，并且还可以使芹菜光泽好，减少纤维，从而提高芹菜品质，尤其现在合理施用钾肥相当重要。此期追肥以硝酸钾为例，每667平方米用量4千克~5千克为宜，特别注意不能太过量。因为钾过量会抑制硼和钙的吸收，缺钙容易诱发干心病，缺硼可使叶柄开裂，发生黑心病、心腐病等。
