随着我国水产养殖集约化的蓬勃发展，养殖水环境污染日益严重，由于环境恶化造成的水产动物疾病或由此引发的传染性疾病大量剧增，已成为制约水产养殖业健康发展的主要障碍。利用有益微生物在水体吸收氨氮、亚硝酸氮及硫化氢等，有效分解大分子有机物，同时抑制致病菌的大量繁殖，这是一种治本的环境处理方法，也是推行绿色养殖的最佳措施。
一、光合细菌
（1）、该菌的活菌形态微细、比重小，若采用直接泼洒养殖水体的方法，其活菌不易沉降到池塘底部，无法起到良好的改善底环境的效果，因此建议全池泼洒光合细菌时，尽量将其与沸石粉合剂应用，这样既能将活菌迅速沉降到底部，同时沸石也可起到吸附氨的效果。
（2）、适时使用，使用光合细菌的适宜水温为15℃－40℃，最适水温为28℃－36℃，因而宜掌握在水温20℃以上时使用。注意阴雨天勿用。
（3）、与有机肥或无机肥混合应用光合细菌效果明显，并可防止藻类老化造成水质变坏。
（4）、视水质实际状况决定应用方法，水肥时施用光合细菌可促进有机污染物的转化，避免有害物质积累，改善水体环境和培育天然饵料，保证水体溶氧；水瘦时应首先施肥再使用光合细菌，这样有利于保持光合细菌在水体中的活力和繁殖优势，降低使用成本。此外，酸性水体不利于光合细菌的生长，应先施用生石灰，间隔3－4天后，调节pH值后再使用光合细菌。
（5）、避免与消毒杀菌剂混合使用，因为作为活菌，药物对它有杀灭作用，水体使用消毒后须经5天后方可使用，使光合细菌在水体中产生优势竞争性，抑制有害菌生长。
（6）、光合细菌质量的简单辨别方法：称取食用果绿色素0.1克，溶于100毫升自来水中，配成深绿色的鉴别色素溶液，取待测的样品10－20毫升装于干净、透明的玻璃管中，滴2滴鉴别绿色素溶液于装有待测样品的玻璃管中，观察其颜色的反应，若样品为优质光合细菌产品，绿色素溶液则会与红色光合细菌分层，上层绿色为绿色素溶液，下层红色为光合细菌液，摇动之后稍微放置，分层仍是存在，滴加的鉴别绿色素溶液越多，绿色层所占的比例越多，最后，整玻璃管都为绿色，若为假光合细菌或劣质产品，可见滴加的鉴别绿色素溶液会溶于红色产品中，绿色溶液与红色溶液不会分层，轻轻摇动后，两者颜色会混匀，样品的红色加深，红中带有点紫，滴加的绿色色素溶液越多，颜色就会逐渐加深为紫黑色。
二、芽孢杆菌
（1）、该菌为好气性细菌，当养殖水体溶解氧高时，其繁殖速度加快，分解大分子有机物的效率提高，因此在泼洒该菌的同时，须尽量同时开动增氧机，以使其在水体繁殖迅速形成种群优势。
（2）、由于芽孢杆菌系化能异养菌，因此当养殖水体底质环境恶化，藻相不佳时，应尽快应用芽孢杆菌，其可迅速利用大分子有机物质，同时能将有机物质矿化生成无机盐为单细胞藻类提供营养，单细胞藻类的光合作用又为有机物的氧化、微生物的呼吸、水产动物的呼吸提供氧气。循此往复，构成一个良性的生态循环，使池塘内的菌相和藻相达到平衡，维持稳定水色，营造良好的底质环境。
（3）、使用芽孢杆菌前活化工作为必须的措施，活化方法通常为采用本池水加上少量的红糖或蜂蜜，浸泡4－5小时后即可泼洒，这样可最大程度提高芽孢杆菌的使用效率。
（4）、作为有益微生物，芽孢杆菌同样要避免与消毒剂同时应用池塘，以免丧失效价。
三、硝化细菌
（1）、由于硝化细菌的生物特性与其他活菌不同，使用时不需要经过活化处理，不需用葡萄糖、红糖等来扩大培养，反之则会使硝化细菌失活，因此使用时只需简单的用池塘水溶解泼洒即可。
（2）、硝化细菌的特性是繁殖速度较慢，20多小时才能繁殖一代，不象芽孢杆菌2分钟繁殖一代，所以投放硝化细菌后，一般情况需4－5天后才可见明显效果，因此提前投放时间应是解决这个矛盾的好方法，同时为了更好地提高硝化细菌作用效率，在实际应用中若芽孢杆菌或光合细菌与其一起应用的话，硝化细菌应提前数日运用，避免繁殖速度快的活菌竞争空间。
（3）、硝化细菌不可与化学增氧剂如过碳酸钠或过氧化钙，因为这些物质在水体中分解的出氧化性较强的氧原子，会杀死硝化细菌，所以最好错开1天后使用。
（4）、由于硝化细菌是附着在无机物上，在高位池中采用的中间排污，会排走大量的硝化细菌；特别是刚投放的前几天，硝化细菌的繁殖尚未进入高峰期，这时排污会使硝化细菌作用不明显。因此在高位池中，最好在使用硝化细菌后4－5天内基本不排水或少排水。在投放硝化细菌时，如结合质量较好的沸石粉同时泼洒，使之快速沉于水底而不易被排走。则效果更佳。
（5）、养殖池塘的酸碱度及溶解氧与硝化细菌的使用效果有较大的关系，硝化细菌对pH值的适应范围为5－10，但在低于7或高于8.5的水体中硝化细菌的繁殖会受到一定的影响，最适宜范围为7.8－8.2，同时硝化细菌在将氨氮转变成亚硝酸盐进而转变成硝酸盐的过程，是一个耗氧过程，但其是微需氧，在其转变过程中所需要的溶氧很少，在使用硝化细菌的水体中，溶氧只要不低于2毫克／升即可。
（6）、纯化硝化细菌，其保存及包装工艺是决定其使用效率及保存期限的关键，因此其载体须使用200－300目以上的特殊物质，且其水分含量要低于5％，并需采用无氧包装，只有这样才能确保实际应用效果。
