黑水一般由藻类和有机物两种情况引起。
1.隐藻引起
由于隐藻对于温度适应能力强，所以该藻类引起的黑水只要氮、磷等元素适宜，几乎可以在春夏秋冬四季都出现，并且有形成优势种群的可能，对光照不敏感，无光条件下能够异样生存。
隐藻富含叶绿素а、с，β-胡萝卜素，对所见光有很强的吸附能力，其水近看显红褐色，远远看去显黑色。
由于一般成鱼养殖池大规模投料、施加氮肥是在7-9月，所以喜欢生存在有机物和氮丰富的水体的隐藻一般都是在这一时期出现。
鱼苗、鱼种池常年投喂饲料，也很少清塘，所以不少鱼苗、鱼种池塘常年会出现此种情况的黑水，这种水质的池塘的鱼苗、鱼种，特别是花白鲢生长速度快。
而鱼池中发生此种藻类的水华，一般都说明该鱼池水肥、水活，是好水。
2.膝口藻引起
膝口藻属于黄藻门，许多水产人士喜欢将其归纳为甲藻门，主要是因为甲藻门有一个膝沟藻科，两个藻类虽只有一字之隔，但是膝沟藻在藻体死亡后分泌大量的毒素，毒素对鱼类没有毒害作用，但是对于摄食鱼类的人类有毒害作用。
而膝口藻有鞭毛，趋光性很强。清晨在鱼池上下层一般均匀分布，日出后逐渐往表层移动，中午前后大部分集中表层，下午随着光照强度的减弱又逐渐下移分散。
该藻类对低温适应能力强，早春晚秋尤其旺盛，一般多见于晚秋。光照变化优势藻类易形成丝状、带状、扫帚状、乌云状和溶液状黑色水华。
膝口藻在鱼池中保持一定的数量对吃鱼有益，形成水华后，在变天等环境激烈变化的时候容易发生倒藻。
防治方法：
①利用光合菌等能够利用小分子的物质控制藻类的丰度。
②定期施加磷肥，合理调整池塘的氮磷比，以此来控制藻类的种类。
③可以加深水位。利用氮制剂片剂等改底。
3.大分子有机物过多
此种情况形成的黑水一般出现在上水淹没小米草的淹清时期。加水后，大量的草屑、鱼的粪便在池水里堆积，五六月气温相对较低，有益菌分解速度跟不上，水极容易变黑。
还有不少施加农家肥的池塘也会出现此种情况。
防治方法：
①芽孢杆菌+磷肥，间隔两天后使用菌。
②用氯制剂、双氧水等氧化有机质。
③将农家肥用生物制剂发酵。
④使用沸石粉等沉降有机物。
4.小分子有机物过多
此种情况形成的黑水一般出现在倒藻后。
倒藻后的水先变红，两三天后池子里的小分子有机物就会因为没有藻类利用而大量积累形成黑水。
防治方法：
①使用生物有机酸、多硫化合物等解毒。
②加水引藻种。
③施加光合菌和能够分解利用小分子有机物的菌+磷肥。
④使用氯制剂或者双氧水氧化。
鉴别这四种水体的黑水可以在下午4点左右在池塘中打一瓶水，置于阳光下几分钟：①瓶壁无气泡或者少气泡。池底沉降物质颗粒大的是大分子有机物，小的是小分子有机物。②瓶壁有大量气泡。瓶壁上层向光处黑色很浓的是趋光性很强的膝口藻、没有的是隐藻。
此外绿藻门的衣藻等其他藻类大量繁殖也会形成黑水，不少池塘也会时常出现隐藻、膝口藻、有机物多等多种情况并存的现象。
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