危害鳜鱼的真菌主要是藻菌纲的一些种类，如水霉、鳃霉等。真菌不仅危害鳜鱼的幼体、成体，也危及卵。
⒈水霉病
又称肤霉病。由鳜鱼皮肤感染水霉菌而引起，在鳜鱼的受精卵、鱼苗、鱼种和成鱼阶段均可发生。主要是孵化用水混有杂物，致使鱼卵受损而感染水霉菌；在鱼苗至成鱼阶段，主要是在拉网、转池和运输过程中，因操作不当或机械损伤而感染所致。
⑴症状与危害
水霉菌丝为管形没有横隔的多核体，一端像根一样附着在鳜体的损伤处；分枝多而纤细的菌丝可深入到损伤或坏死卵膜、皮肤及肌肉。另一端则游离体外，长可达3厘米，形成肉眼能见的灰白色棉絮状菌落。疾病发生早期，肉眼看不出什么异状，当肉眼能看出时，菌丝不仅在伤口侵入，且已向外长出外菌丝，似灰白色棉毛状。鱼卵感染水霉后停止发育，菌丝会大量生长，染病卵粒呈白色绒球状，进而导致胚胎死亡。鱼苗感染时，背鳍、尾鳍均带有黄泥状的丝状物，鱼苗浮于水面，活力减弱，最后体瘦死亡。成鱼感染时，感染部位出现灰白色的棉絮状物，鳜体负担加重，其后伤口扩大化、腐烂而导致死亡。该病全年均可发生，早春时节危害最大。
⑵防治方法
①保持良好的孵化用水水质，抑制水霉菌繁殖，减少发病机率。
②流水孵化的鱼卵，首先在收集清洗鱼卵后用0.3毫克／升浓度的灭毒净浸洗1次，鱼卵进环道后隔8～12小时用水霉净溶液泼洒1次，使池水呈0.5毫克／升浓度。
③全池泼洒水霉净，使池水达0.2～0.3毫克／升浓度，效果较好。
④用2％～3％的食盐水浸洗鱼种（成鱼）5～10分钟，或用1％食用醋数滴浸洗5分钟，均有较好疗效。
⑤用姜、盐、酒三合剂浸洗鱼种，先取500克老生姜加1500克水磨烂，重复3～4次，再称取食盐1500克、白酒500克与姜汁和匀，可用于150千克鱼种。
⒉鳃霉病
⑴症状与危害
鳃霉菌通过孢子与鳃直接接触而感染，菌丝向鳃组织里不断生长，一再分枝，沿着鳃丝血管分枝，或穿入软骨破坏鳃组织，使病鱼呼吸困难，游动缓慢，失去追食能力，鳃上黏液增多，病重时，鳜鱼高度贫血，整个鳃呈淡灰色。当水质恶化，特别是水中有机质含量高时，容易暴发此病。
⑵防治方法
①环道育苗用青霉素兑水泼洒，用量为每立方米水体40万国际单位（或使水体达0.25克／立方米浓度），效果较理想。
②育种池塘，先用450毫克／升生石灰或40毫克／升漂白粉消毒灭菌。
