斑点叉尾鮰作为养殖对象已有近半个世纪的历史，和其他养殖鱼类一样，因病害常造成较大损失。据徐海德等（2001）报道，美国本土鮰所发生的各种病害有15种之多。年产值近9亿美元的鮰养殖业，仅仅由于肠道败血病每年约造成5000万美元的损失，约占总产值的5％。根据国内的调查，随着养殖时间的推移，养殖区域的扩大等原因，鮰的发病率和病害的种类亦呈逐年增加的趋势，基本上凡养过该鱼的单位，或多或少都发生过病害。主要细菌性病有烂尾病、肠道败血病、烂鳃病、腐皮病和肠炎等；寄生虫病主要有小瓜虫、车轮虫、锚头鳋、孢子虫和口丝虫病等；霉菌病有水霉和绵霉等。感染对象从鱼卵开始，直至成、亲鱼，每个阶段、不同的季节都有病害发生，但体重50克以下的苗种阶段，危害尤甚。
