运输过程中操作要细致、轻快，保持鳗苗皮肤湿润，避免风吹、日晒和雨淋。
1、低温湿润运输
运输箱由木板制成，其规格为60厘米×40厘米×10厘米，分为三层，上层为盛冰箱，下面两层都是装苗箱。每只箱底和苗箱四周都衬钉20目的聚乙烯网布。每层苗箱可放鳗苗1～2公斤。如果水温在20℃以上，运输时，先在盛冰箱里装满碎冰块，使其不断滴下冷水，以降低各层的温度，并保持鳗苗湿润。为使降温效果更好，每隔3～5小时向冰箱上淋一次水。冰箱内的冰化完后要及时加冰，使苗箱内温度保持在5～8℃。本法运输鳗苗，在15～20小时内成活率可达90％以上。
2、尼龙袋充氧低温运输
尼龙袋要用双层，规格为70厘米×40厘米，每袋装水1～2公斤，放鳗苗1～1.5公斤，挤出空气，充入氧气，用橡皮筋将袋口扎紧，然后放入木箱或纸板箱里，每箱放2袋，并在两袋之间放冰袋一只，内放冰块1～2公斤，以保持箱内低温。运输30小时，成活率可达90％以上。鳗苗运到目的地后，先将尼龙袋放在池塘中半小时，待袋内水温和池水温接近时（一般不相差5℃），然后拆袋放苗，否则将造成死苗。
