实践证明，水质好坏是影响斑点叉尾鮰育苗成败的重要因素之一。斑点叉尾鮰的苗种生产过程并不复杂，但仍有不少育苗场育苗效果不好，诸如孵化率低、苗的质量差、发病率高等等。这些问题的出现可能与管理不当有关，但更多的是孵化用水水质不好引起的。
1、水源
虽然任何水源经过处理都可以用于斑点叉尾鮰育苗，但某些水源的处理成本较高，不适用，所以需选择好的水源。常用的水源有地下水和地表水。
一般来讲，地下水是斑点叉尾鮰繁殖孵化的最好水源，因为地下水通常没有悬浮物、未受污染，也不存在病原菌，水温和水化学成分相对较稳定。当然，地下水也存在溶氧低、可能含有高浓度的二氧化碳和硫化氢、水温低等缺点，但在使用时可以通过曝气、增氧、加热、沉淀、过滤等手段使地下水符合繁育用水要求。
地表水包括溪流、江河、池塘、湖泊和水库。无污染的地表水作为水源要优于地下水，但目前不受污染的水源很难找到，特别是使用地表水容易带入病原菌。
2、水温
鱼卵孵化和鱼苗培育的适宜温度为26～28℃，如果水温过低鱼卵孵化期就会延长，而且低温时真菌会大量繁殖，影响卵的正常发育；如果水温太高，鱼苗畸形率就会上升，而且水温超过28℃，斑点叉尾鮰鱼卵和鱼苗极易患上细菌病和病毒病。因此，选用孵化水温最好控制在27℃左右。
3、溶氧
孵化用水溶氧量应保持在4毫克/升以上，除了水源进入孵化池之前要充分曝气外，孵化池中还应架设充气设施，不断充气，并且使孵化池水保持循环状态。
