在亲鳖产卵后，不进行人工采卵，利用亲鳖池的产卵场或休息场及产卵沙盘，作鳖卵孵化沙床，自然孵化；或在养鳖池靠近防逃墙向阳、地势高处，挖几条10厘米深的沟，把卵采集起来排放于沟内，并将卵的动物极向上，然后覆盖10厘米厚的沙土，沙土的含水量以手捏成团、松手则散为度。沟边插上温度计，并记录产卵日期，以便稚鳖破壳后及时移入室内暂养。在孵化沟的两端砌几行砖，砖上横搁几根竹竿。日光曝晒温度较高时，加草帘或竹帘遮荫降温，雨天或晚上加塑料薄膜防雨保温。孵沟干燥时洒水，积水时则及时排除。
在孵化后期，稚鳖卵黄团临近消失，卵壳颜色逐渐变白、变脆，在卵壳全部变白、稚鳖即将出壳之前，在孵化场地或产卵场周围加竹箔，以防刚出壳的稚鳖下水池被亲鳖残食。为便于收集稚鳖，可在竹箔内选择地势低处，埋设几个水盆，使水盆盆口与地面相平，利用稚鳖出壳后要下水的本能，诱使其自行爬入水盆中，然后移往暂养池。
在自然条件下，外界环境温度如在30℃以下时，要达到36000℃孵化积温，从产下受精卵到稚鳖破壳而出，需50～70天。
在自然条件下的孵化，易受外界环境条件变化的影响，如白天、晚上温差大，因此孵化率很低，常在50％以下。所以，在人工养殖条件下，一般不采取自然孵化，而多用人工孵化法，以提高孵化率。
