常用的运输方法，有鳗箱运输和尼龙袋充气运输两种。鳗箱结构与鳗苗、鳗种运输相同，一般5只重叠为1套，每套可装食用鳗40-45千克，但是鳗箱运输只适用于国内短距离运输。出口和远距离运输，一般都采用尼龙袋充氧运输。尼龙袋规格为10厘米×28厘米×65厘米的双层袋，每袋装鳗约10千克，加水量最好在10千克左右，但为了减轻空运量，也可酌情减少用水量。出口鳗大量运输，一般都在7-9月，此时气温、水温都很高，装袋前需采用“三级降温法”，将水温降到10℃左右。所谓三级降温，即将鳗从水温25℃左右的暂养池捕出，放入水温18℃-20℃的容器中，暂养3-5分钟后，即可装袋、充氧、封口嘬后将装鳗尼龙袋放入纸板箱内，每箱装两袋。纸板箱的规格为32厘米×35厘米×65厘米，为防止运输途中升温，箱内四角应放4只小冰袋；为防止尼龙袋漏水，箱内应配尼龙衬袋1只，冰袋与鳗袋之间还垫衬板，最后打包待运。尼龙袋运输成活率很高，在24小时内到达者，一般都不会死亡。
